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孔祥复先生长期从事功能基因组学、应用组学研究和人类基因治疗。他于1981年在全世界第一个研制出用于临床治疗的α-干扰素,获得发明专利并由美国食品卫生管理局(FDA)批准进入临床;阐明了Ras基因和肿瘤的关系、β-半乳糖苷酸的生物合成及调控机理以及HCG制品抗HIV的作用机理。